逆さまに咲くチューリップはありますか?―京都府立植物園の新米職員の神苗健は、ある母娘から質問を受ける。

明智光秀最期の地と伝わる明智藪で、真っ赤に染まった竹が見つかった。

あるマンション建設予定地に、なぜか異常なほど雑草が生い茂る理由を教えて―そんな相談を受けた京都府立植物園の新米職員の神苗健は、「植物の探偵」こと「なごみ植物店」の店員・和久井実菜にその解明を依頼するのだが…。

十日間にわたって盛大に催す予定だった北野大茶湯を、豊臣秀吉がわずか一日で中止にした理由は、実は桜の狂い咲きだった?「和の植物の博物館」を作りたいという実菜に、彼女の祖父が突き付けた条件は、その真相を探ること。